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南京单细胞测序数据分析

来源: 发布时间:2022年06月06日

冰冻切片的空间转录组测序在RNA捕获、文库构建方面,需要将组织切片贴合在带有mRNA结合捕获探针的载玻片上,通过甲醛固定、H&E染色得到组织切片的形态结构。再进行透化处理,使细胞中的mRNA释放,并结合到芯片相邻的捕获探针上。将捕获的mRNA反转录合成cDNA并构建测序文库进行上机测序,从而获取基因表达信息。总体来说,空间转录组的实验流程包括:组织冻存-OCT包埋-冷冻切片-固定染色-组织透化-cDNA合成及建库-上机测序,而需要客户进行样本准备的步骤相对简单:组织冻存与OCT包埋。十二年测序经验,烈冰生物单细胞多组学领域的佼佼者。南京单细胞测序数据分析

随着单细胞转录组测序技术(scRNA-Seq)的蓬勃发展,其在在胚胎发育,肿瘤细胞异质性,免疫细胞转化等多方面屡建奇功,但是由于细胞形态的不同和单细胞制备中细胞敏感性的差异等因素影响,scRNA-Seq在数据分析时可能会出现细胞类型占比失真,个别细胞类型丢失等情况。为了克服单细胞测序技术的局限性,单细胞核转录组测序技术(snRNA-Seq)应运而生,snRNA-Seq可利用冻存组织直接制备单细胞核进行转录组测序,不仅克服了细胞形态差异致使的细胞捕获差异,还克服了单细胞测序必须使用新鲜样本的多个局限性。北京BD单细胞测序烈冰单细胞测序,多平台任意选择,随心组合,优化您的科学研究,助力探索新的科学视角。

单细胞测序结果动辄上百G数据量,庞大的数据对于分析平台和分析能力有着很高的要求,首先针对下机数据的质控环节:单细胞测序产生数亿的结果序列,不可避免的会出现低质量的测序结果,存在各种情况的序列污染。因此序列过滤及质量评估就会变得极为重要。序列质量主要通过测序质量值Q20/Q30的占比来表征,即碱基测序结果的错误率在1% / 0.1%以下的比例。理想的测序结果reads的碱基质量均高于30。保证数据获得后第一步的处理结果的准确性,为后续细胞类型鉴定准确和功能分析打下坚实基础。

烈冰科技于2010年诞生之初便立足于高通量测序行业,为科研学者提供专注的测序数据分析服务,先后经历基因芯片时代、基因测序、转录组测序时代...在科技日新月异的洪流中始终独占鳌头。2018年以来,单细胞测序进入发展的快车道,烈冰作为国内首批引进单细胞实验双平台的公司,依托自主研发的NovelBrain®生物大数据分析平台,为用户提供一站式全流程的单细胞测序服务和解决方案。4年的单细胞技术的积累,烈冰已具备大鼠、小鼠、斑马鱼、猴、裸鼹鼠、水稻、拟南芥等10+物种,皮肤、脑、胰腺、脂肪、心脏、花序等50+组织类型,100+细胞类型,1000+靶标基因,10000+样本处理经验。烈冰全线实验平台满足超深度、大规模发现和复杂疾病研究的测序。

单细胞转录组测序是在单细胞水平上高通量测序分析基因表达谱的技术,突破传统高通量测序的局限性,组织解离后,单个样本一次上机能捕获500-20000个细胞, 基于每个细胞分别建库测序,获得单个细胞的基因结构和基因表达状态,并鉴定细胞的类型,可以在不同样本间从细胞类型的组成和丰度角度进行比较,反映细胞间的异质性。而2021年横空出世的10X Genomics Chromium X平台实现了单块chip上的百万级别通量的细胞捕获,系统实现16个通道同时运行,每个通道可捕获2000-20000个细胞(不混样),并支持原Chromium Controller体统外的多种细胞捕获百万级别通量实验,可准确鉴别稀有细胞类型和适配大规模单细胞研究。附加流式分选细胞表面Marker,对于较低分辨率的标志物也能有效鉴定,助力高要求测序项目。南京BD单细胞测序服务机构

单细胞测序数据分析,认准烈冰NovelBrain生物信息数据分析平台。南京单细胞测序数据分析

二代测序技术在测序方法上取得了重大突破,基于“边合成边测序”(sequencing by synthesis)和大规模平行测序技术(massive parallel analysis,MPS),使测序通量和读取速度得到极大提升,烈冰生物斥巨资购置的Novaseq6000测序仪的测序原理可以简化为四步:样品文库构建、簇生成、测序和数据分析。由于读长限制,样品DNA或由RNA逆转录得到的cDNA需要被打断成300-500bp的片段,并在3'和5'端接上3种序列:1)Index,用于区分样品来源;2)Adapter,用于结合测序通道上的位点;3)Primer binding site,用于结合PCR引物启动扩增反应。南京单细胞测序数据分析

上海烈冰生物医药科技有限公司致力于医药健康,是一家服务型公司。烈冰生物致力于为客户提供良好的单细胞测序,生物大数据云分析平台,空间转录组测序,单细胞多组学测序,一切以用户需求为中心,深受广大客户的欢迎。公司秉持诚信为本的经营理念,在医药健康深耕多年,以技术为先导,以自主产品为重点,发挥人才优势,打造医药健康良好品牌。在社会各界的鼎力支持下,持续创新,不断铸造***服务体验,为客户成功提供坚实有力的支持。