空间转录组研究的的必耍性：研究单细胞是想要探究细胞间的异质性，但是常规的单细胞是将细胞解离成单细胞悬液，然后利用单细胞分离技术（微孔，微板，液滴）等方法实现单细胞建库，这里比较大的问题是是细胞失去了原本在组织的空间信息。然而这个空间信息在实际研究中是非常重要。特别是在研究细胞命运机制及细胞谱系发生空间位置的信息显得尤为重要，因此发展空问转录组技术实现细胞的位置信息的保留，对研究此类细胞状态尤为必要。高通量测序技术是对传统测序一次翻天覆地的改变，一次对几十万到几百万条核酸序列进行测定。北京烈冰空间转录组服务机构
当前的技术主要有四种策略：1、基于组学实验结合空间重建的计算策略这种计算方法可以充分利用内在基因表达模式或共表达的趋势，从单个细胞的大量转录组数据中重构细胞间的环境。然而，这些推论方法在某些情况下只呈现空间趋势或特定组织的总体布局。2激光切割与NGS测序结合的策略基于LCM的转录组学或基因组学成功地获得了单个细胞的空间转录组，尽管其通量很低，但是在可以标记成千上万个单个细胞位買的多路复用条形码策路可行之前，将少量细胞的数据粗略地整合到构成组织的巨大背景中，可能具有一定价值。3、基于荧光物质原位的转录组学基于图像的原位转录组学在很大程度上增加了可检测区域，但也存在一些问题，例如几种smFISH方法很难从包括信号干扰、转录本积累等复杂背景中提取单个细胞。4、基于身核苷酸的空间条码加上NGS测序。厦门烈冰生物空间转录组测序服务空间转录组可展示组织切片中不同区域的基因表达情况，揭示精细病理区域的信号通路。
已发表的关于空间转录组技术有Slide-seq,LCM-seq,seqFISH,MERFISH,Liversinglecellzonation,Geo-seqandTomo-seq。这些方法或是在细胞数量上限制较大，或是存在有效测序深度不足等问题。10xGenomics公司提供的Visium空间基因表达解决方案是目前一个高通量空间转录组的商业化解决方案。该解决方案可以轻松地将空间转录组学技术应用到组织切片和染色的标准方法中，从而研究空间分辨率下整个转录组mRNA的表达情况，同时在同一组织切片中获得组织学相关信息。
空间转录组技术流程：1、组织优化由于不同物种、组织来源的样本所需的比较好透化时间不尽相同，在正式开展空间转录组测序实验前，需要利用组织优化kit进行条件的摸索。组织优化芯片上包含8个捕获区域，每个区域均覆盖了荧光标记探针，可捕获mRNA形成带有荧光标签的cDNA，随即可通过荧光成像结果判定比较好透化时间及组织优化条件。2、空间转录组测序确定组织优化条件后，即可进行切片、H&E染色及成像、空间转录组文库构建及测序分析流程。烈冰空间转录组测序助您深入探究细胞类型特异性和基因调控网络特征。
烈冰配置了LEICA CM1950冷冻切片机，搭配切片经验丰富的实验团队，可以提供一致性更高、实验操作更精细的冷冻切片准备方案，保持密切高效的沟通，设计更适合的实验方案，确保每一个实验细节有效进行；烈冰升级配置尼康相差显微镜和CCD成像系统，更高清分辨率解析组织切片原始图像信息，10X,20X,40X,60X更多物镜选择，为不同大小的样本提供更清晰的图像，更精细的图像信息采集、拼接策略，为样本内微小区域的组织学提供更清晰的影像；烈冰生物为您提供一站式全流程高通量测序服务。广州烈冰生物空间转录组测序服务
丰富的测序和数据分析经验，烈冰配套全程个性化、定制化地数据分析服务。北京烈冰空间转录组服务机构
10xGenomics空间转录组用于文库构建的每张载玻片上有四个捕获区域，每个捕获区域的大小为6.5x6.5mm，包含5000个被条形码标记的点（barcodedspots），每个点的直径为55μm，点和点之间中心的距离为100μm，并且每个点都有一个barcode序列。组织切片的细胞中会释放出mRNA，迁移到每个spot的mRNA会被标记上相应的barcode序列，然后进行文库构建并进行测序。根据数据的条形码信息对数据进行分析，以确定哪些数据来自哪个位置，从而实现空间基因表达的可视化。北京烈冰空间转录组服务机构
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